Tips：

# 仅供 IEMB-1 用户参考。

# 进入登陆服务器页面后，所有命令可直接使用复制粘贴使用。

# 已通过基因组组装软件（如SPAdes或Megahit等）组装获得contigs水平的基因组。

# 不要修改脚本生成文件的文件名，可能会导致脚本无法识别文件的问题。

1. 使用Cap3进行Gapclose，并去除短片段，及细菌污染序列

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cd /your genome path/

# 以`contigs.fasta`文件，去除短片段的阈值设定为500 bp为例
# 运行脚本
/apps/users/andrew/littletools/Gapclose_lenBacfilter.sh contigs.fasta 500

# 结果获得`XX.BacFilt.fasta`文件，即为除去Gapclos、并过滤后的基因组