Tips：

# 仅供 IEMB-1 用户参考。

# 进入登陆服务器页面后，所有命令可直接使用复制粘贴使用。

# 默认已通过基因组组装及过滤（3）：结合端粒信息统计GCdepth或基因组评估（2）：已有Depth文件，结合端粒信息统计GCdepth获得了当前基因组的GCdepth统计图。

# 不要修改脚本生成文件的文件名，可能会导致脚本无法识别文件的问题。

1. 结合端粒信息，过滤基因组

以下过滤仅针对没有端粒的contigs进行。依次根据线粒体序列比对、细菌序列比对（如果当前工作目录中提供了基因组组装及过滤（2）：Gapclose、去除短片段及细菌污染产生的XX.gt500.blastn_111Gbacteria.tab可以自动检测到，并省略细菌比对步骤）、设定的GCdepth cutoff值对基因组进行过滤。

GCdepth cutoff值的设定，可以根据基因组组装及过滤（3）：结合端粒信息统计GCdepth或基因组评估（2）：已有Depth文件，结合端粒信息统计GCdepth获得的当前基因组的GCdepth统计图辅助确定。

1.1 将上一步基因组组装及过滤（3）：结合端粒信息统计GCdepth或基因组评估（2）：已有Depth文件，结合端粒信息统计GCdepth产生的XX.GCdepth.txt文件软连接到当前工作目录
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ln -s your.GCdepth.txt ./
1.2 将之前基因组组装及过滤（3）：结合端粒信息统计GCdepth产生的XX.depth.txt文件软连接到当前工作目录
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ln -s your.depth.txt ./
1.3 可选步骤，将之前基因组组装及过滤（2）：Gapclose、去除短片段及细菌污染产生的XX.blastn_111Gbacteria.tab文件软连接到当前工作目录,建议执行，省去重复比对
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ln -s your.blastn_111Gbacteria.tab ./
1.4 进行基因组过滤，并重新绘制过滤后的基因组的GCdepth统计图
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# 以基因组文件'contig.fasta'为例
# 设置'GC1'参数，将GC含量高于'GC1'的无端粒contigs全部删除，以45为例
# 设置'depth1'参数，将depth低于'depth1'的无端粒contigs全部删除，以5为例
# 设置'GC2'和'depth2'参数，将同时满足depth低于'depth2'和GC含量高于'GC2'两个条件的无端粒contigs全部删除，'GC2'的值可以和'GC1'相同，'depth2'的值也可以和'depth1'相同，'GC2'以40为例，'depth2'以20为例
# 以5'端的端粒结构为CCCCAAAA，3'端端粒结构为TTTTGGGG为例
# 运行脚本
/apps/users/andrew/littletools/assembly_GCdep_BacMito_filt.sh contig.fasta your.GCdepth.txt 45 5 40 20 your.depth.txt CCCCAAAA TTTTGGGG

# 获得过滤后的基因组文件，及该版本基因组对应的5幅'png'格式的GCdepth组合散点图，下载到本地查看