Tips：

# 仅供 IEMB-1 用户参考。

# 进入登陆服务器页面后，所有命令可直接使用复制粘贴使用。

# 默认已经有通过基因组组装及过滤（3）：结合端粒信息统计GCdepth获得的中间文件XXX.base_depth.txt。

# XXX.base_depth.txt文件除了可以通过运行上述脚本获得，同样也可以自己制作（使用bwa将’DNA reads’比对到参考基因组后再通过samtools计算即可获得）。

# 不要修改脚本生成文件的文件名，可能会导致脚本无法识别文件的问题。

1. 结合端粒信息，统计基因组GCdepth

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# ln -s yourbase_depth.txt ./
# ln -s yourAssembly.fasta ./

# 以'XX.scaffolds.gt500.fasta'作为输入基因组文件为例
# 5'端的端粒结构为CCCCAAAA，3'端端粒结构为TTTTGGGG
# 基因组depth文件为'XX.base_depth.txt'
# 使用'nohup'命令运行脚本
nohup /apps/users/andrew/littletools/assembly_GCdepth.sh XX.scaffolds.gt500.fasta CCCCAAAA TTTTGGGG XX.base_depth.txt &

# 获得5幅'png'格式的GCdepth组合散点图，下载到本地查看
# 图片中可以根据颜色区分包含端粒的情况，主图中的圆圈表示点的密度